Bahagian 1
Pada suatu pagi musim panas yang cerah, seorang wanita muda bernama Dete mendaki jalan gunung dari pekan Mayenfeld di pergunungan Alps, Switzerland, sambil memimpin seorang anak perempuan kecil yang dibalut dengan beberapa lapis pakaian. Anak itu bernama Heidi, dan usianya baru kira-kira lima tahun. Ibu bapanya telah meninggal dunia ketika dia masih bayi, dan sejak itu dia dijaga oleh Dete, ibu saudaranya, bersama ibu Dete. Kini Dete mendapat tawaran pekerjaan yang baik di Frankfurt, Jerman, dan dia tidak mahu membawa Heidi bersamanya.
Di kampung kecil Dörfli, Dete bertemu dengan seorang kenalan bernama Barbel yang hairan mendengar rancangannya. Dete hendak menyerahkan Heidi kepada datuk anak itu, seorang lelaki tua yang tinggal bersendirian di sebuah pondok di atas gunung. Orang kampung memanggilnya Pak Cik Alm, atau Gelaran “Pak Cik Alm”, Alm bermaksud padang ragut gunung, dan mereka menganggapnya garang, penyendiri dan tidak bergaul dengan sesiapa. Menurut cerita orang, pada zaman mudanya dia telah memboroskan harta keluarga, merantau jauh dan pulang dengan nama yang buruk, sehingga dia memilih untuk menjauhkan diri daripada masyarakat.
Sementara itu, Heidi bertemu dengan Peter, budak gembala kambing berusia sebelas tahun yang setiap hari membawa kambing-kambing orang kampung naik ke Kawasan rumput tempat haiwan makan. Kerana kepanasan, Heidi menanggalkan pakaian tebalnya satu demi satu dan berlari bebas bersama Peter dan kambing-kambing itu. Apabila tiba di pondok, Dete menyerahkan Heidi kepada datuknya dengan kata-kata yang tajam, lalu cepat-cepat turun semula ke lembah. Lelaki tua itu tidak membantah. Dia hanya memandang cucunya dengan lama dan menyuruhnya masuk.
Bahagian 2
Di luar jangkaan orang kampung, Pak Cik Alm menerima Heidi dengan baik. Pondoknya sederhana tetapi kemas, dan Heidi sangat gembira apabila dibenarkan tidur di Ruang di bawah bumbung rumah di atas timbunan jerami yang harum, dengan tingkap bulat yang menghadap ke lembah. Datuknya membuatkan sebuah bangku kecil untuknya, memberinya susu kambing yang segar dan roti bersama keju panggang. Kambing datuknya, Little Swan dan Little Bear, segera menjadi kawan Heidi.
Setiap pagi Heidi mengikut Peter membawa kambing ke padang ragut yang tinggi. Di sana dia melihat bunga-bunga gunung, burung helang yang terbang di udara, dan pada waktu senja dia menyaksikan puncak-puncak gunung bersalji bertukar menjadi merah menyala seperti terbakar. Datuknya menerangkan bahawa itulah cara matahari mengucapkan selamat malam kepada gunung. Heidi juga menunjukkan hati yang lembut. Apabila Peter hendak memukul seekor kambing yang nakal, dia melarangnya, dan dia menenangkan kambing kecil bernama Snowflake yang sedih kerana kehilangan ibunya.
Apabila musim sejuk tiba, Heidi meminta untuk melawat rumah Peter di lereng gunung. Di sana dia bertemu dengan ibu Peter, Brigitta, dan nenek Peter yang sudah tua dan buta. Rumah mereka sangat usang, dan bunyi pintu serta tingkap yang longgar ditiup angin membuatkan nenek itu takut rumah itu akan runtuh. Heidi meminta datuknya membaikinya, dan lelaki tua itu, walaupun jarang bercakap dengan orang lain, datang memaku papan dan membetulkan rumah itu. Kunjungan Heidi menjadi saat paling gembira dalam hidup nenek yang buta itu. Peter pula masih belum pandai membaca walaupun sudah lama bersekolah.
Pada suatu hari, guru agama kampung datang ke pondok dan menasihati Pak Cik Alm supaya menghantar Heidi ke sekolah di Dörfli dan supaya dia sendiri kembali tinggal bersama orang kampung. Pak Cik Alm menolak dengan tegas. Dia berkata bahawa cucunya akan membesar dengan sihat bersama kambing dan burung, jauh daripada orang yang tidak memahaminya.
Bahagian 3
Tiga tahun berlalu dengan aman. Ketika Heidi berusia lapan tahun, Dete tiba-tiba muncul semula. Dia membawa berita bahawa sebuah keluarga kaya di Frankfurt mencari seorang anak perempuan untuk menjadi teman kepada anak tunggal mereka yang sakit dan tidak boleh berjalan. Dete menganggap ini satu peluang besar untuk Heidi. Pak Cik Alm membantah dengan marah, tetapi Dete mengingatkan bahawa jika perkara itu dibawa ke mahkamah, kisah lama Pak Cik Alm akan diungkit semula, dan dia menarik Heidi pergi dengan memberitahu bahawa anak itu boleh pulang bila-bila masa dia mahu dan boleh membawa roti lembut untuk nenek Peter. Heidi pergi dalam keadaan keliru, dan nenek Peter menangis sedih kerana kehilangannya.
Di Frankfurt, Heidi dibawa ke rumah besar Panggilan hormat untuk lelaki dalam bahasa Jerman Sesemann, seorang saudagar kaya yang sering bepergian kerana urusan perniagaan. Anaknya, Clara, berusia kira-kira dua belas tahun, berwajah pucat dan menghabiskan hari-harinya di atas kerusi roda. Isteri Herr Sesemann telah lama meninggal dunia, dan rumah itu diuruskan oleh Panggilan hormat untuk wanita belum berkahwin dalam bahasa Jerman Rottenmeier, seorang pengurus rumah tangga yang tegas, angkuh dan sangat mementingkan peraturan. Fräulein Rottenmeier segera kecewa apabila mendapati Heidi masih kecil, tidak tahu membaca dan langsung tidak mengenal adab rumah orang berada. Dia memanggil Heidi dengan nama penuhnya, Adelheid, dan menganggapnya liar.
Clara pula sangat menyukai Heidi. Kehadiran anak gunung itu menceriakan hari-harinya yang membosankan. Heidi melakukan pelbagai perkara yang menggemparkan isi rumah. Dia keluar seorang diri mencari menara gereja yang tinggi kerana ingin melihat gunung dari atas, lalu pulang membawa dua ekor anak kucing. Pada hari yang lain, seorang budak lelaki datang memainkan organ tangan di dalam rumah, dan kemudian sebuah bakul penuh dengan anak kucing dihantar kepadanya. Sebastian, pembantu rumah yang baik hati, diam-diam menolong Heidi menyembunyikan kucing-kucing itu, manakala Tinette, pelayan wanita, memandang rendah kepadanya. Clara ketawa melihat semua kekacauan itu, tetapi Fräulein Rottenmeier semakin geram.
Bahagian 4
Walaupun hidup dalam kemewahan, Heidi semakin rindu akan gunung. Dari tingkap rumah besar itu dia hanya dapat melihat dinding batu dan jalan. Dia mula menyimpan roti putih yang lembut setiap kali makan, kerana ingin membawanya pulang untuk nenek Peter yang tidak boleh mengunyah roti hitam yang keras. Pada suatu hari, dia memberitahu Fräulein Rottenmeier bahawa dia hendak pulang. Pengurus rumah itu memarahinya dan menganggapnya tidak mengenang budi. Sejak itu Heidi memendam rasa rindunya dan tidak lagi menyebutnya.
Herr Sesemann pulang ke rumah dan mendengar aduan Fräulein Rottenmeier tentang perangai Heidi. Namun Clara memberitahu ayahnya betapa gembiranya dia sejak Heidi datang. Herr Sesemann memutuskan bahawa Heidi akan terus tinggal di situ dan harus dilayan dengan baik. Tidak lama kemudian, ibu Herr Sesemann, yang dipanggil Nenda oleh Clara, datang menginap. Dia seorang wanita yang bijak dan penyayang. Apabila mengetahui bahawa Heidi gagal belajar membaca kerana mendengar Peter berkata membaca itu terlalu susah, dia memberikan sebuah buku bergambar yang indah dan berjanji bahawa buku itu akan menjadi milik Heidi sebaik sahaja dia dapat membacanya. Dalam masa yang singkat, Heidi tiba-tiba pandai membaca.
Nenda juga menyedari kesedihan Heidi. Dia menasihati anak itu supaya menceritakan kesusahannya kepada Tuhan dan berdoa setiap hari. Heidi mula berdoa agar dibenarkan pulang, tetapi apabila doanya tidak segera dimakbulkan, dia hampir berputus asa. Nenda menerangkan bahawa Tuhan tahu apa yang terbaik dan akan memberikannya pada waktu yang sesuai. Selepas Nenda pulang, kehidupan menjadi sunyi semula. Heidi pernah menyangka nenek Peter telah meninggal dunia kerana sebuah cerita dalam buku, dan dia menangis teresak-esak. Selepas itu dia menahan tangisnya kerana Fräulein Rottenmeier mengugut akan menghukumnya, tetapi wajahnya semakin pucat dan badannya semakin kurus.
Bahagian 5
Tidak lama kemudian, sesuatu yang aneh berlaku di rumah besar itu. Setiap pagi, pintu hadapan didapati terbuka luas walaupun telah dikunci pada malam sebelumnya. Para pembantu rumah percaya bahawa sejenis hantu berkeliaran di dalam rumah. Sebastian dan seorang lagi pembantu bernama John cuba berjaga, tetapi mereka ketakutan apabila ternampak satu lembaga putih di tangga. Fräulein Rottenmeier menulis surat kepada Herr Sesemann supaya pulang segera.
Herr Sesemann pulang bersama sahabatnya, seorang doktor, dan mereka berdua berjaga pada waktu malam dengan membawa pistol. Sekitar pukul satu pagi, mereka melihat pintu dibuka perlahan-lahan dan mendapati lembaga putih itu sebenarnya Heidi yang berbaju tidur, berjalan dalam tidur dengan mata yang kosong. Doktor membawanya kembali ke bilik dan bertanya dengan lembut. Heidi memberitahu bahawa setiap malam dia bermimpi berada di pondok datuknya, mendengar angin di pokok-pokok cemara, lalu dia membuka pintu, tetapi apabila tersedar dia masih di Frankfurt.
Doktor menjelaskan kepada Herr Sesemann bahawa Heidi bukan sahaja berjalan dalam tidur, tetapi sedang jatuh sakit kerana rindu yang mendalam akan kampung halamannya. Dia telah menjadi kurus kering, dan satu-satunya ubat ialah menghantarnya pulang ke gunung dengan segera. Herr Sesemann terkejut, lalu terus bertindak. Keesokan harinya, Heidi diberitahu bahawa dia akan pulang. Clara sangat sedih, tetapi dihiburkan dengan janji bahawa dia akan melawat Heidi di gunung. Sebastian menemani Heidi dalam perjalanan dengan kereta api. Heidi membawa sebuah bakul berisi roti lembut untuk nenek Peter, buku bergambar, dan sepucuk surat serta sejumlah wang daripada Herr Sesemann untuk datuknya.
Bahagian 6
Sebaik sahaja tiba di Dörfli, Heidi berlari mendaki jalan gunung. Dia singgah dahulu di rumah Peter dan memeluk nenek yang buta itu, lalu memberikan roti lembut yang dibawanya. Nenek itu menangis gembira kerana selama ini dia setiap hari berdoa agar Heidi kembali. Kemudian Heidi terus mendaki ke pondok datuknya. Lelaki tua itu sedang duduk di bangku di hadapan pondok. Heidi berlari ke arahnya dan memeluknya, dan buat pertama kali setelah sekian lama, mata datuknya basah.
Pada petang itu, Heidi melihat sekali lagi puncak gunung yang merah menyala. Dia segera pulih, wajahnya kembali berseri, dan dia mula keluar lagi bersama Peter dan kambing-kambing. Kini Heidi membaca lagu-lagu pujian lama daripada buku nenek Peter kepadanya, dan nenek itu berasa amat terhibur. Kebolehan membaca yang diperoleh di Frankfurt kini memberikan kegembiraan kepada orang lain.
Pada suatu petang, Heidi menceritakan kepada datuknya sebuah kisah daripada buku bergambarnya tentang seorang anak yang meninggalkan rumah ayahnya, kemudian menyesal lalu pulang dan diterima dengan penuh kasih. Kisah itu menyentuh hati lelaki tua itu. Keesokan paginya, buat pertama kali setelah bertahun-tahun, dia memakai pakaian terbaiknya dan turun bersama Heidi ke Dörfli untuk menghadiri upacara keagamaan pada hari Ahad. Orang kampung terperanjat. Selepas itu, dia mengunjungi guru agama kampung dan memohon maaf atas sikapnya dahulu, lalu berjanji akan tinggal di Dörfli pada musim sejuk supaya Heidi dapat bersekolah. Penduduk kampung pun mula menyambutnya dengan mesra. Dia kembali menjadi sebahagian daripada masyarakat.
Bahagian 7
Clara sepatutnya datang ke gunung pada musim luruh, tetapi kesihatannya merosot dan perjalanan itu terpaksa ditangguhkan. Sebagai gantinya, doktor yang pernah merawat Heidi datang seorang diri. Doktor itu sedang dalam kesedihan yang mendalam kerana anak perempuan tunggalnya telah meninggal dunia tidak lama sebelum itu. Heidi menyambutnya dengan gembira dan membawanya naik ke padang ragut bersama Peter dan kambing. Di tengah-tengah keindahan gunung, Heidi menghiburkan doktor itu dengan kata-kata yang dipelajarinya daripada Nenda dan nenek Peter, bahawa Tuhan akan mendatangkan kebaikan selepas kesusahan. Kata-kata seorang anak kecil itu meringankan hati doktor, dan dia mula berasa tenang semula.
Apabila musim sejuk tiba, Pak Cik Alm berpindah bersama Heidi ke sebuah rumah lama yang separuh roboh di Dörfli. Dia membaikinya dengan tangannya sendiri, dan kambing-kambing turut ditempatkan di situ. Heidi mula bersekolah. Pada hari-hari yang salji tidak terlalu tebal, dia meluncur dengan kereta salji bersama Peter untuk melawat nenek di rumah gembala itu.
Heidi menyedari bahawa nenek Peter amat merindui bacaan lagu-lagu pujian setiap hari, dan dia tidak dapat datang selalu. Lalu dia bertekad mengajar Peter membaca. Peter enggan belajar dan menganggap membaca terlalu susah, tetapi Heidi mengugutnya dengan cara yang lucu, iaitu dia akan dihantar ke Frankfurt untuk belajar dengan orang-orang yang menakutkan. Takut akan ugutan itu, Peter berusaha dengan bersungguh-sungguh. Menjelang akhir musim sejuk, dia dapat membaca, dan buat pertama kali dia membacakan lagu pujian kepada neneknya sendiri. Guru sekolah di Dörfli tidak percaya akan perubahan Peter itu.
Bahagian 8
Pada musim bunga berikutnya, Heidi dan datuknya kembali ke pondok di atas gunung. Surat dari Frankfurt membawa berita gembira bahawa Clara akan datang bersama Nenda. Pada awal musim panas, rombongan dari Frankfurt tiba. Clara diusung dengan kerusi usungan, kerusi rodanya ditolak naik oleh seorang lelaki lain, dan Nenda menunggang kuda. Clara sangat terpesona dengan keindahan gunung, bunga-bunga dan udara segar. Nenda melihat betapa cermat Pak Cik Alm menjaga Clara, lalu dia bersetuju meninggalkan cucunya di pondok selama beberapa minggu dan dia sendiri tinggal di Ragatz.
Pak Cik Alm merawat Clara dengan penuh kesabaran. Setiap hari Clara meminum susu kambing yang segar, tidur di loteng jerami bersebelahan Heidi, dan duduk di udara terbuka. Pipinya mula merah dan selera makannya bertambah. Pak Cik Alm juga mula membantunya berdiri sedikit demi sedikit setiap hari.
Peter pula tidak gembira. Sejak Clara datang, Heidi tidak lagi menemaninya ke padang ragut, dan dia berasa dibuang. Kerusi roda Clara menjadi lambang kehilangannya. Pada suatu pagi, ketika tiada sesiapa yang melihat, Peter menolak kerusi roda kosong itu dari hadapan pondok sehingga terguling ke lereng curam dan hancur berkecai di bawah. Dia gembira, kerana menyangka tanpa kerusi itu Clara terpaksa pulang ke Frankfurt dan Heidi akan kembali menjadi miliknya.
Bahagian 9
Namun perbuatan Peter membawa akibat yang tidak disangka-sangka. Pak Cik Alm mendukung Clara naik ke padang ragut. Di sana, Heidi sangat ingin membawa Clara melihat padang bunga yang indah di lereng berhampiran. Dengan bantuan Heidi dan Peter yang dipaksa menolong, Clara mencuba melangkah. Mula-mula kakinya sakit, tetapi sedikit demi sedikit dia dapat berjalan. Ini saat yang amat menggembirakan bagi mereka semua. Pada malam itu, Heidi dan Clara berdoa dan bersyukur kepada Tuhan. Hari demi hari Clara berlatih sehingga dia mampu berjalan dengan sendirinya.
Peter pula hidup dalam ketakutan. Dia menyangka seorang anggota polis akan datang dari Frankfurt untuk menangkapnya kerana kerusi yang dimusnahkannya. Apabila Nenda datang melawat, dia terkejut dan menangis gembira melihat Clara berjalan menyambutnya. Tidak lama kemudian, Herr Sesemann sendiri tiba tanpa diduga dan hampir tidak mengenali anaknya yang kini sihat. Peter, yang ketakutan kerana menyangka Herr Sesemann ialah anggota polis, akhirnya mengaku perbuatannya. Nenda tidak menghukumnya. Dia menerangkan bahawa orang yang berbuat salah tidak akan tenang, dan bahawa kebaikan boleh lahir daripada perbuatan yang buruk. Dia malah menghadiahkan Peter sedikit wang setiap minggu untuk seumur hidupnya.
Herr Sesemann ingin membalas jasa Pak Cik Alm. Lelaki tua itu tidak meminta apa-apa untuk dirinya, kecuali janji bahawa selepas dia meninggal dunia, Heidi tidak akan terpaksa mencari nafkah dalam kalangan orang asing. Herr Sesemann berjanji dengan sepenuh hati dan memberitahu bahawa doktor sahabatnya akan berpindah untuk tinggal berdekatan, sehingga Heidi akan mempunyai dua orang pelindung. Heidi pula meminta katil empuk yang pernah digunakannya di Frankfurt untuk dihadiahkan kepada nenek Peter, supaya nenek itu dapat tidur dengan selesa. Permintaan itu dipenuhi. Clara berangkat pulang bersama ayah dan neneknya tanpa perlu diusung dengan kerusi lagi, sambil berjanji akan kembali pada musim panas berikutnya, manakala Heidi kekal di gunung bersama datuknya, dikelilingi orang yang menyayanginya.
