Bahagian 1
Surabaya, September 1898. Seluruh Jawa meraikan pertabalan Ratu Wilhelmina di Belanda, dan seorang murid Hogere Burgerschool (H.B.S.) berusia lapan belas tahun, yang dipanggil Minke, duduk tertanya-tanya tentang nasibnya sendiri. Dia pemuda Jawa berdarah bangsawan, anak seorang bakal Ketua pentadbiran sebuah daerah atau wilayah tertentu di Indonesia, khususnya dalam sistem pemerintahan Jawa yang digambarkan dalam novel.. Dia lahir pada hari dan tahun yang sama dengan sang Ratu, tetapi di sekolah yang kebanyakan muridnya berdarah Eropah, dia tidak pernah melupakan bahawa dia seorang Penduduk asal sesuatu wilayah. Dalam novel ini, merujuk kepada penduduk tempatan Hindia Belanda yang dibezakan daripada golongan Eropah.. Nama sebenarnya sengaja dirahsiakan; Minke hanyalah panggilan yang melekat padanya sejak kecil. Dia gemar menulis, dan di akhbar dia menggunakan nama Max Tollenaar.
Seorang rakan sekelas, Robert Suurhof, seorang Gelaran bagi orang berketurunan campuran Eropah dan penduduk tempatan di Hindia Belanda. yang membenci pelajar peribumi yang menandinginya, mencabar Minke supaya membuktikan keberaniannya berhadapan dengan seorang gadis jelita. Gadis itu tinggal di Wonokromo, di sebuah ladang tenusu yang luas bernama Boerderij Buitenzorg. Minke menyahut cabaran itu. Di rumah besar itu dia bertemu Annelies Mellema, gadis berkulit putih berwajah Eropah tetapi berambut dan bermata seperti orang Jawa, yang cantik sehingga Minke tidak mampu menyembunyikan kekagumannya. Dia juga bertemu ibu gadis itu, seorang wanita peribumi berkebaya yang fasih berbahasa Belanda, menguruskan seluruh perusahaan itu seorang diri dan dikenali sebagai Gelaran untuk wanita dalam masyarakat Jawa. Dalam konteks novel ini, merujuk kepada wanita peribumi yang menjadi gundik lelaki Eropah. Ontosoroh, yang dalam novel ini ialah Wanita yang hidup sebagai pasangan seorang lelaki tanpa ikatan perkahwinan yang sah. seorang lelaki Eropah.
Minke segera sedar bahawa rumah ini tidak sama dengan rumah lain. Tuan rumahnya yang sebenar, Herman Mellema, seorang lelaki Eropah, muncul pada malam pertama itu dalam keadaan mabuk dan lusuh lalu menghina tetamunya dengan kasar. Nyai Ontosoroh menyuruhnya naik ke biliknya, dan berkata kepada Minke bahawa lelaki itu seolah-olah sudah tidak wujud. Abang Annelies, Robert Mellema, memandang Minke dengan dingin. Namun Nyai sendiri melayan Minke dengan baik, malah menyuruhnya memanggil dirinya “Mama” sebagaimana Annelies memanggilnya.
Bahagian 2
Minke pulang ke bilik sewanya di Surabaya dengan kepala yang penuh dengan bayangan Annelies dan kata-kata Nyai. Tuan rumahnya, Mevrouw Telinga, memberi amaran bahawa keluarga di Wonokromo itu tidak baik, kerana Nyai hanyalah gundik seorang lelaki Eropah. Sahabat Minke yang lebih tua, Jean Marais, pelukis Perancis yang kehilangan sebelah kakinya semasa perang di Aceh, mengingatkannya agar tidak menghukum seseorang berdasarkan cakap-cakap orang. Jean membesarkan anak perempuannya, May, seorang diri, dan Minke selalu menghantar May ke sekolah.
Sepucuk surat daripada Nyai menjemput Minke datang semula, kerana Annelies jatuh sakit akibat terlalu penat bekerja dan merindukannya. Minke menurut, dan sedikit demi sedikit dia mula tinggal di rumah besar itu. Dia dan Annelies menjadi semakin rapat. Pada malam hari Nyai menceritakan kisah hidupnya kepada Minke.
Namanya dahulu Sanikem, anak seorang kerani di sebuah kilang gula di Tulangan. Ayahnya yang berharap naik pangkat menjadi Pekerja yang bertanggungjawab mengurus dan membuat pembayaran wang, termasuk gaji. telah menyerahkannya kepada tuan pengurus kilang, Herman Mellema, dengan bayaran dan janji kenaikan pangkat. Sanikem diperlakukan sebagai gundik, dan dia memendam kemarahan terhadap ayahnya yang menjualnya. Namun Mellema yang ketika itu seorang pegawai yang pintar mengajarnya membaca, menulis dan berbahasa Belanda, dan mengajarnya menguruskan perusahaan tenusu. Sanikem belajar dengan tekun, dan perlahan-lahan menjadi Nyai Ontosoroh yang mengurus semuanya. Dia tidak mahu lagi bergantung kepada sesiapa.
Namun undang-undang tidak mengiktiraf kedudukannya. Mellema mengakui Robert dan Annelies sebagai anak di mahkamah, tetapi tidak mengahwini ibu mereka. Di mata undang-undang kolonial, Nyai tidak mempunyai hak penjagaan yang diiktiraf terhadap anak-anaknya sendiri, kerana dia bukan isteri yang sah.
Bahagian 3
Kehidupan keluarga itu mula runtuh apabila Maurits Mellema, anak Herman daripada isterinya yang sah di Belanda, datang ke Surabaya sebagai jurutera dan mencari bapanya. Dia mencemuh Nyai di hadapan Mellema dan berkata bahawa bapanya telah mencemarkan darah Eropah dengan gundik peribumi dan anak-anak haram. Selepas kunjungan itu, Mellema hilang pegangan. Dia berhenti bekerja, berhenti mengendahkan keluarganya, dan sering menghilang ke tempat-tempat yang memalukan. Robert, yang sudah lama berasa malu kerana ibunya peribumi, mula membenci ibunya dan semua orang peribumi, termasuk adiknya.
Nyai mengambil alih segala-galanya. Dia mengeluarkan Annelies daripada sekolah dan melatihnya mengurus ladang. Annelies hidup tanpa kawan, tanpa dunia selain ibunya dan kerja. Apabila Minke datang, dia menjadi orang pertama yang melangkah ke dunia yang tertutup itu.
Robert tidak menyembunyikan permusuhannya terhadap Minke. Dia memberi amaran dengan nada mengancam bahawa dialah anak sulung keluarga itu, dan Minke harus ingat bahawa seorang yang bersendirian pun boleh melakukan banyak perkara. Dari jauh, Darsam, pengawal Madura setia kepada Nyai, mengawasi rumah itu dan semua yang masuk keluar.
Bahagian 4
Pada suatu subuh, seorang pegawai polis datang membawa perintah menangkap Minke. Tanpa sebarang sebab diberitahu, dia dibawa dengan kereta api ke bandar B., tempat keluarganya. Di sana dia dibawa bukan ke balai polis, tetapi ke rumah bupati. Ayahnya, yang baharu dilantik menjadi bupati, menyuruhnya merangkak di atas lutut menuju kerusi bupati mengikut adat lama, kemudian memukulnya dengan cambuk kerana tidak membalas surat keluarga. Ayahnya marah kerana anaknya tinggal di rumah seorang gundik Belanda, tetapi mengubah sikap apabila perlu: pada malam keesokan harinya, Minke diminta menjadi jurubahasa antara pembesar Belanda dan para bupati pada majlis pelantikan ayahnya.
Minke menyempurnakan tugas itu dengan baik. Penolong Residen, Herbert de la Croix, terkesan dengan bahasa Belandanya, lalu menjemputnya ke rumah. Di sana kedua-dua anak perempuannya, Sarah dan Miriam, menguji dan menyakat Minke tentang sastera, sains dan kepercayaan nenek moyangnya. Herbert de la Croix berpegang pada “teori persekutuan” Snouck Hurgronje, bahawa orang Belanda dan peribumi terpelajar boleh berkongsi tanggungjawab. Minke tidak yakin, kerana pada pandangannya teori itu tiga ratus tahun terlambat. Dia dapat merasakan bahawa dirinya sedang dijadikan bahan ujian.
Ibunya, yang menangis ketika Minke bersujud, mengingatkannya bahawa dia berdarah Golongan bangsawan atau pahlawan dalam tradisi Jawa yang dikaitkan dengan keberanian dan kehormatan.. Ibunya juga berkata dia melahirkan anak yang akan memegang belati yang tajam, dan berpesan supaya Minke berhati-hati agar belati itu tidak menusuk dirinya sendiri. Minke pulang ke Surabaya.
Di stesen, dia perasan seorang lelaki gemuk berpakaian coklat mengekorinya sejak dari B. Darsam menjemputnya dan membawanya ke sebuah warung. Di sana Darsam berbisik bahawa Robert telah menawarkan wang supaya Minke dibunuh. Minke diminta tinggal di rumah Telinga di Kranggan buat sementara waktu.
Bahagian 5
Minke tidak dapat tidur dengan tenang. Seorang lelaki gemuk berkain dan bertopi muncul semula di sekitar rumah sewanya, dan Minke mula mengunci pintu pada siang hari. Dia menerima sepucuk surat panjang daripada Miriam tentang bangsanya, tentang Multatuli, dan tentang pemimpin yang diperlukan oleh Jawa. Minke berasa kecil di hadapan harapan yang diletakkan ke atasnya.
Sementara itu, Annelies jatuh sakit. Jirannya, Babah Ah Tjong, seorang Cina yang memiliki rumah hiburan di Wonokromo, telah menarik Robert ke dalam rumahnya, dan Robert mula hilang dari rumah keluarganya. Nyai menghantar Darsam menjemput Minke. Dr. Martinet, doktor keluarga yang berbudi dan berkaca mata sebelah, memberitahu Minke bahawa Annelies adalah gadis yang rapuh, hidup di bawah bayang-bayang ibunya yang kuat, dan kerinduannya kepada Minke boleh membunuhnya. Dia berkata Minke satu-satunya orang yang boleh memulihkan Annelies. Minke yang tidak pernah memikirkan perkahwinan, memutuskan dia tidak akan melepaskan Annelies.
Di sekolah, kedudukan Minke semakin sukar. Rakan-rakan sekelas menjauhinya. Robert Suurhof terus menyebarkan fitnah dan mengumumkan bahawa Minke, yang menulis di akhbar dengan nama pena Max Tollenaar, tidak mempunyai nama keluarga. Hanya seorang guru, Juffrouw Magda Peters, yang tetap membelanya. Dia memuji tulisan Minke secara terbuka dan berkata bahawa nama keluarga hanyalah adat Eropah yang baharu. Apabila Magda mengunjungi Wonokromo, dia terpegun melihat Nyai yang bijak, yang membaca buku-buku Eropah di perpustakaan peninggalan Mellema, dan berkata wanita seperti itu boleh membuat Hindia menjadi besar jika ada seribu orang sepertinya.
Annelies pula perlahan-lahan pulih berkat perhatian Minke, tetapi dia memendam rahsia yang menyakitkan tentang abangnya, yang akhirnya diceritakan kepada Minke pada suatu malam. Minke hanya mampu mempercayainya dan terus berada di sisinya.
Bahagian 6
Pada suatu pagi Ahad, Minke berasa tidak tenteram. Lelaki gemuk itu muncul lagi dan Darsam mengejarnya sehingga ke halaman rumah Babah Ah Tjong. Di sana, di sudut ruang makan, mereka menemui jasad Herman Mellema yang terbaring di dalam muntahnya sendiri. Dia sudah mati di rumah hiburan itu. Nyai dan Annelies tiba dan tidak mahu menyentuhnya. Doktor memutuskan bahawa Mellema mati diracun sedikit demi sedikit dalam jangka masa yang lama.
Berita itu menjadi sensasi. Akhbar-akhbar menuduh Nyai dan Minke bersekongkol, dan nama Robert disebut-sebut sebagai terlibat. Bapa Minke, yang membaca berita itu, sangat murka. Minke menulis balas dalam akhbar S.N.v/d D yang sudah pun mengambilnya sebagai penulis tetap, dan namanya semakin dikenali. Ketua pengarangnya, Maarten Nijman, memberi perlindungan kepadanya.
Perbicaraan Babah Ah Tjong di Mahkamah Putih, mahkamah untuk orang Eropah, menarik perhatian seluruh Surabaya. Nyai terpaksa memberi keterangan dalam bahasa Melayu kerana dilarang menggunakan bahasa Belanda. Pendakwa raya mengalihkan soal jawab daripada pembunuhan kepada kehidupan peribadi Minke dan Annelies, dan penonton ketawa. Nyai bangkit lalu menjawab dengan lantang. Katanya, Mellema dahulu membeli seorang gadis peribumi dan tidak ada yang mempersoalkannya. Namun apabila dua orang yang saling menyayangi mahu bersatu, mereka dipersoalkan. Dia bertanya siapa yang menjadikan wanita-wanita peribumi gundik, dan menuduh Eropah yang berkata-kata tentang adab.
Selepas perbicaraan, pihak sekolah mengusir Minke kerana dianggap terlalu dewasa dan berbahaya. Namun tulisan Minke tentang manusia, peribumi, Indo dan Eropah mendapat sambutan, dan para guru yang bersimpati serta Penolong Residen meminta pihak sekolah menerimanya kembali. Dia diterima, tetapi duduk berasingan daripada rakan-rakan. Bulan-bulan berikutnya dia belajar sehingga peperiksaan.
Bahagian 7
Pada majlis graduasi 1899, Minke diumumkan sebagai pelajar kedua terbaik di seluruh Hindia, dan yang pertama di Surabaya. Sambutan sederhana sahaja: hanya para guru dan beberapa murid yang bertepuk tangan. Annelies, yang hadir untuk kali pertama ke majlis seperti itu, duduk di sisinya dalam gaun baldu hitam.
Esoknya Minke dan Annelies berkahwin menurut hukum Islam di Wonokromo. Ibu Minke datang dan membantunya berpakaian sebagai seorang satria Jawa. Dia mengingatkan Minke tentang lima perkara yang menjadi lambang lelaki Jawa: rumah, isteri, kuda, burung dan Senjata tradisional bermata dua yang biasanya berbilah beralun atau lurus, serta mempunyai nilai kebudayaan dalam masyarakat Melayu dan Jawa., dan tentang tanggungjawab mempertahankan semuanya. Seluruh ladang meraikan perkahwinan itu, kawan-kawan lama hadir, dan Dr. Martinet menjadi pengacara majlis. Jean Marais memperlihatkan potret Nyai yang dilukisnya. Robert Suurhof tiba lewat malam dengan pakaian hitam, meminta maaf dan membawa hadiah, serta mengucapkan selamat tinggal kerana akan belajar undang-undang di Eropah. Surat yang tersembunyi dalam hadiahnya mengaku bahawa permusuhannya selama ini berpunca daripada rasa iri hati.
Hadiah daripada Magda Peters pula membawa berita pahit: pihak berkuasa telah memaksanya berhenti mengajar dan meninggalkan Hindia. Rakan Minke, Jan Dapperste, yang membenci namanya, kemudian mendapat keputusan Gabenor Jeneral untuk menukar nama menjadi Panji Darman dan bekerja dalam perniagaan Nyai. Beberapa minggu selepas perkahwinan, Penolong Residen memaklumkan bahawa permohonannya untuk Minke melanjutkan pelajaran telah ditolak kerana budi pekerti Minke dianggap tidak baik.
Bahagian 8
Enam bulan selepas perkahwinan, Nyai dan Annelies dipanggil ke mahkamah. Annelies pulang menangis dan terlantar. Nyai membawa pulang timbunan dokumen daripada Mahkamah Amsterdam. Maurits Mellema, melalui peguamnya, telah menuntut harta bapanya di Mahkamah Amsterdam. Mahkamah memutuskan bahawa tiada ikatan perkahwinan yang sah antara Herman Mellema dan Nyai, lalu Maurits, sebagai anak sah, menerima empat perenam harta peninggalan, manakala Annelies dan Robert, sebagai anak yang diakui, menerima seperenam masing-masing. Maurits juga dilantik menjadi penjaga Annelies, yang dianggap masih di bawah umur dan belum dewasa, dan menguruskan bahagiannya. Annelies akan dibawa ke Belanda.
Peguam pertama mereka, Deradera Lelliobuttockx, hanya menyuruh mereka mencuba membuat rayuan. Minke dan Nyai bertekad melawan. Minke menulis lantang dalam akhbar, Kommer, seorang wartawan Indo, menterjemahkannya ke bahasa Melayu dan menyebarkannya kepada para ulama di kampung-kampung. Penolong Residen menghantar seorang peguam terkemuka dari Semarang yang mendapati bahawa perkahwinan Mellema yang lama menurut penyiasatannya telah pun dibubarkan melalui perceraian di Belanda sebelum Annelies lahir, tetapi penemuan itu tidak mengubah apa-apa. Para ulama membantah ketidakadilan terhadap perkahwinan Islam Minke dan Annelies. Mahkamah Agama Surabaya mengesahkan bahawa perkahwinan itu sah.
Mahkamah Putih tidak berganjak. Rumah di Wonokromo dikepung oleh pasukan Pasukan tentera khas kolonial Belanda yang digunakan dalam operasi keselamatan dan penentangan bersenjata., pasukan tentera khas yang digeruni. Sekumpulan orang Madura bersenjata, yang marah dengan keputusan itu, bergelut dengan mereka. Darsam ditahan. Dr. Martinet dihalang daripada melawat pesakitnya, dan seorang doktor kerajaan menggantikannya. Penolong Residen menghantar telegram bahawa dia akan meletakkan jawatan jika keputusan itu dilaksanakan, dan akhirnya dia berbuat demikian.
Bahagian 9
Annelies yang sebelum ini terlantar, perlahan-lahan menjadi tenang, tetapi tenang itu bukan tanda pulih. Dia tidak bercakap, tidak makan, dan hanya diam dalam pelukan Minke. Minke menceritakan kepadanya dongeng-dongeng yang diketahuinya, dan Annelies kadang-kadang tersenyum, tetapi matanya sudah jauh. Dia juga tidak mahu melepaskan Minke. Pada pagi terakhir, dia menyuapkan makanan kepada suaminya sendiri, seolah-olah itu satu-satunya hal yang masih mampu diberikannya.
Hari yang ditakuti pun tiba. Nyai dan Minke tidak dibenarkan menghampirinya. Anggota Maresose mengepung halaman, dan seorang wanita Eropah memimpin Annelies keluar dari biliknya seperti anak kecil, dan Annelies dibawa dalam kereta kerajaan menuju kapal yang akan membawanya ke Belanda. Dia tidak menoleh dan tidak bersuara. Pintu ditutup dari luar, dan roda kereta kedengaran semakin jauh, sehingga akhirnya senyap.
Minke dan Nyai hanya mampu berdiri di belakang pintu. Minke berbisik bahawa mereka telah kalah. Nyai menjawab dengan kata-kata yang menjadi penutup novel: “Kita telah melawan, Nak, Nyo, sebaik-baiknya, sehormat-hormatnya.” (Pramoedya Ananta Toer, Bumi Manusia, Hasta Mitra, 2002.)
