Bahagian 1
Pada akhir bulan Oktober, di Manila yang dikuasai Sepanyol, Don Santiago de los Santos, yang lebih dikenali sebagai Gelaran hormat bagi orang terkemuka di pekan Tiago, mengadakan jamuan makan malam besar di rumahnya di tepi Sungai Pasig. Jamuan itu diadakan untuk menyambut kepulangan Juan Crisóstomo Ibarra, seorang pemuda kacukan yang baru pulang selepas tujuh tahun belajar di Eropah. Ibarra ialah anak Don Rafael Ibarra, hartawan terkemuka dari pekan San Diego, dan tunang kepada Maria Clara, anak tunggal Kapitan Tiago.
Antara tetamu ialah Padre Dámaso, seorang paderi Anggota sebuah tarekat paderi Katolik yang lantang dan berkuasa, yang dahulu berkhidmat selama dua puluh tahun di San Diego. Ibarra menyapanya dengan hormat, tetapi Padre Dámaso menafikan bahawa dia pernah menjadi sahabat ayah pemuda itu. Ketika makan, paderi itu menyindir dan memperkecil pengajian Ibarra di luar negara. Ibarra menahan diri, lalu meminta diri dengan sopan. Dalam perjalanan pulang, Leftenan Guevara, seorang pegawai tua Pasukan polis bersenjata Sepanyol, menceritakan nasib ayahnya yang selama ini tidak diketahui oleh Ibarra.
Menurut leftenan itu, Don Rafael ialah lelaki jujur yang bermusuh dengan Padre Dámaso kerana enggan tunduk kepadanya. Pada suatu hari dia melihat seorang pemungut cukai yang kasar memukul seorang budak. Dia menahan lelaki itu, dan pemungut cukai itu terjatuh, kepalanya terhantuk pada batu lalu mati. Don Rafael dipenjarakan. Musuh-musuhnya, termasuk mereka yang pernah dibantunya, menuduhnya sebagai musuh negara dan orang yang menyimpang daripada agama. Perbicaraannya berlarutan lama, dan ketika dia hampir dibebaskan, dia jatuh sakit lalu meninggal dunia di dalam penjara, bersendirian. Ibarra mendengar semuanya dengan diam dan hati yang hancur.
Bahagian 2
Keesokan harinya Ibarra menemui Maria Clara, gadis jelita yang dibesarkan oleh ibu saudaranya, Isabel, dan dididik di Rumah tempat tinggal golongan yang beribadat Santa Catalina. Mereka mengenang zaman kanak-kanak dan surat-surat lama. Maria Clara menyimpan surat terakhir yang ditulis Ibarra sebelum berangkat ke Eropah, yang menyebut tentang pesanan ayahnya supaya dia belajar demi kebaikan tanah airnya. Ingatan itu mengingatkan Ibarra akan tanggungjawabnya, lalu dia segera berangkat ke San Diego.
San Diego ialah sebuah pekan di tepi tasik, dikelilingi sawah dan hutan. Di situ kuasa sebenar terletak pada dua pihak yang saling bersaing: paderi kariah yang baharu, Padre Salvi, seorang Fransiskan kurus dan pendiam yang menggantikan Padre Dámaso, serta Ketua pasukan Guardia Civil di pekan, ketua Guardia Civil di pekan itu, dan isterinya Doña Consolación yang bengis. Ketua pentadbiran pekan, atau Datuk bandar pekan pada zaman Sepanyol, hanya mempunyai kuasa yang terbatas dan biasanya menurut kehendak paderi.
Di tanah perkuburan, Ibarra mencari pusara ayahnya, tetapi penggali kubur memberitahunya sesuatu yang mengerikan. Atas perintah paderi kariah yang lama, mayat Don Rafael telah digali semula dan diarahkan supaya dikebumikan di perkuburan orang Cina. Oleh sebab mayat itu berat dan hujan turun pada malam itu, penggali kubur itu mencampakkan mayat tersebut ke dalam tasik. Dalam kemarahan, Ibarra bertemu Padre Salvi di jalan dan mencengkam lengannya, tetapi Salvi menjelaskan bahawa dia tidak terlibat kerana perbuatan itu dilakukan oleh pendahulunya. Ibarra melepaskannya dan pergi.
Bahagian 3
Pengarang turut membawa pembaca mengenali penduduk biasa San Diego. Sisa ialah seorang ibu miskin yang tinggal di pinggir pekan bersama suami yang kejam dan suka berjudi. Dua anak lelakinya, Basilio dan Crispin, bekerja sebagai budak Pembantu yang menjaga gereja dan loceng di gereja, membunyikan loceng setiap petang. Crispin yang masih kecil dituduh mencuri dua keping wang emas, dan Ketua para sakristan memukulnya serta mendendanya dengan gaji yang tidak akan mampu dibayar. Pada suatu malam, Basilio melarikan diri dari menara loceng dalam keadaan cedera akibat tembakan pengawal, manakala Crispin hilang dan nasibnya tidak diketahui lagi.
Sisa menunggu anak-anaknya dengan hidangan sederhana yang disediakannya dengan susah payah. Hanya Basilio yang pulang. Keesokan harinya pengawal Guardia Civil datang mencari kedua-dua budak itu atas tuduhan mencuri, lalu menangkap Sisa dan mengheretnya ke pekan di hadapan orang ramai. Dia dilepaskan kemudiannya, tetapi kehilangan anak-anak dan rasa malu yang ditanggungnya membuat akalnya hilang. Sisa menjadi gila, berkeliaran di jalanan dan hutan sambil menyanyi dan memanggil nama anak-anaknya.
Seorang lagi penduduk ialah Tasio, seorang tua berilmu yang dianggap gila atau ahli falsafah oleh orang pekan. Dia menulis buah fikirannya dalam huruf yang tidak difahami orang, kerana katanya dia menulis untuk generasi akan datang yang lebih bebas. Kepada Ibarra, Tasio menasihatkan agar berhati-hati, kerana sesiapa yang hendak membawa pembaharuan di negeri itu perlu mendapat restu golongan yang berkuasa atau berdepan dengan kebencian mereka.
Bahagian 4
Maria Clara datang ke San Diego dan Ibarra mengadakan perkelahan di tepi tasik bersama gadis itu dan sahabat-sahabatnya. Mereka menaiki perahu untuk melihat perangkap ikan, dan jurumudi mereka ialah seorang pemuda pendiam bernama Elias. Apabila seekor buaya ditemui dalam perangkap, Elias terjun untuk menangkapnya dan hampir tewas, lalu Ibarra terjun menyelamatkannya. Sejak hari itu Elias berasa terhutang nyawa kepada Ibarra.
Kemudian ternyata Elias ialah orang buruan. Pada perkelahan yang sama, sepasukan Guardia Civil datang mencari seorang lelaki yang pernah menjatuhkan alferez ke dalam lumpur dan memukul Padre Dámaso di jalan. Lelaki itu ialah Elias, tetapi dia telah pun menghilang. Elias kemudiannya memberi amaran kepada Ibarra bahawa dia mempunyai musuh yang berbahaya di pekan itu.
Dalam pada itu Ibarra mengumumkan hasratnya membina sebuah sekolah di San Diego, menggunakan tanah dan hartanya sendiri, sebagai kenangan kepada ayahnya. Dia meminta pandangan Tasio, yang menyokong niat itu tetapi meramalkan bahawa usaha tersebut akan dihalang. Ibarra berusaha bersikap bijak, menemui paderi kariah dan pegawai pekan supaya projek itu mendapat restu, dan Padre Salvi menyambutnya dengan ramah, sekurang-kurangnya pada zahirnya.
Bahagian 5
Pesta tahunan San Diego menghimpunkan orang dari merata tempat, dan upacara meletakkan batu asas sekolah diatur pada hari itu. Seorang lelaki asing berkulit kekuningan telah diupah membina Alat kayu dan tali untuk mengangkat benda berat besar untuk menurunkan batu asas ke dalam lubangnya. Elias, yang hadir dalam pakaian orang kebanyakan dan sukar dikenali, sempat mendengar cerita yang mencurigakan tentang kerekan itu. Ketika Ibarra turun ke dalam lubang untuk meletakkan batu, kerekan itu runtuh. Ibarra terselamat secara ajaib dan berdiri tanpa cedera di tengah-tengah runtuhan, tetapi lelaki yang membina kerekan itu sendiri mati tertimpa di kakinya. Elias kemudian memberitahu Ibarra bahawa lelaki itu terlibat dalam rancangan untuk membunuhnya.
Pada hari yang sama Ibarra mengadakan jamuan makan di bawah khemah. Padre Dámaso, yang datang untuk pesta, menyindir Ibarra dan pengajian di Eropah, lalu menghina ayahnya yang telah meninggal dunia. Ibarra, yang tidak dapat menahan diri lagi, menerkam paderi itu dan menjatuhkannya, lalu mengangkat pisau. Maria Clara meluru dan memegang tangannya, dan Ibarra tidak menikam. Namun kejadian itu cukup untuk menghancurkan kedudukannya.
Ibarra dikenakan hukuman Hukuman dibuang daripada keanggotaan gereja, iaitu dibuang daripada keanggotaan gereja. Kapitan Tiago, yang takut kehilangan kedudukannya di sisi paderi, diperintahkan memutuskan pertunangan anaknya dengan Ibarra. Maria Clara jatuh sakit kerana kesedihan. Gabenor Jeneral, yang datang ke pekan itu sempena pesta, berpihak kepada Ibarra, memuji keberaniannya dan berjanji mengusahakan supaya hukuman itu ditarik balik.
Bahagian 6
Padre Dámaso kini mempunyai rancangan lain untuk Maria Clara. Doña Victorina, seorang wanita tempatan yang berlagak seperti orang Sepanyol, dan suaminya, Don Tiburcio de Espadaña, yang mengaku doktor walaupun tanpa kelayakan sebenar, membawa bersama seorang pemuda Sepanyol, Linares, saudara Don Tiburcio. Padre Dámaso mencadangkan pemuda itu sebagai bakal suami Maria Clara. Kapitan Tiago menurut sahaja.
Sementara itu Elias menemui Ibarra dan menceritakan kisah hidupnya. Datuknya dahulu dituduh melakukan kesalahan yang tidak dilakukannya, lalu disebat di hadapan orang ramai, dan sejak itu keluarganya hidup sebagai orang buangan yang diburu dari satu tempat ke satu tempat. Elias meminta Ibarra menggunakan pengaruhnya untuk menyuarakan penderitaan rakyat biasa yang ditindas oleh Guardia Civil dan golongan berkuasa. Ibarra, yang masih percaya kepada pembaharuan melalui undang-undang, menolak jalan kekerasan dan berkata bahawa dia tidak dapat memimpin perjuangan sedemikian.
Dalam masa yang sama alferez dan Padre Salvi terus bermusuhan, dan rasa tidak puas hati penduduk semakin memuncak. Hukuman ekskomunikasi ke atas Ibarra akhirnya ditarik balik melalui campur tangan pihak atasan. Ibarra kembali ke rumah Kapitan Tiago dengan harapan, dan menemui Maria Clara yang masih lemah.
Bahagian 7
Musuh-musuh Ibarra belum selesai. Seorang lelaki berparut bernama Lucas, saudara kepada lelaki yang mati tertimpa kerekan, datang meminta wang pampasan daripada Ibarra dan dihalau. Kemudian Lucas mengumpulkan beberapa lelaki yang berdendam terhadap Guardia Civil, termasuk mereka yang pernah dianiaya, dan memberitahu mereka bahawa Ibarra akan membiayai dan memimpin serangan ke atas berek tentera. Mereka dibayar dengan wang yang kononnya daripada Ibarra.
Elias mendapat tahu rancangan itu dan bergegas memberi amaran kepada Ibarra supaya memusnahkan surat-suratnya dan melarikan diri. Ketika membantu menyusun kertas-kertas itu, Elias terlihat sebuah nama dan menyedari bahawa moyang Ibarra ialah lelaki Sepanyol yang dahulu menyebabkan penderitaan keluarganya sendiri. Dia terguncang dan hampir menikam Ibarra, tetapi menahan diri, lalu meninggalkannya.
Pada malam itu serangan berlaku. Penyerang dikalahkan dengan cepat, beberapa orang terbunuh, dan seorang yang tertangkap mengaku bahawa mereka dihasut atas nama Ibarra. Ibarra ditangkap dan dipenjarakan. Ramai penduduk yang tidak bersalah turut ditahan. Kapitan Tiago, dengan ketakutan, berusaha menyelamatkan dirinya sendiri.
Suasana San Diego selepas malam itu dipenuhi ketakutan. Orang ramai mengunci pintu, saling menuduh dan cuba menjauhkan diri daripada sesiapa sahaja yang pernah dikaitkan dengan Ibarra. Mereka yang dahulu memuji projek sekolah kini menyumpah pemuda itu sebagai pengkhianat. Para tahanan diarak keluar dengan tangan terikat. Ibarra pada mulanya dibawa tanpa diikat, lalu dia sendiri meminta pengawal mengikatnya seperti orang lain. Keluarga para tahanan, yang menyalahkannya atas malapetaka itu, mencaci dan melontarnya dengan batu dan tanah, dan dia menanggung semuanya tanpa membalas. Tasio, yang sudah uzur dan tidak lama kemudian meninggal dunia, menyaksikan perarakan itu dengan sedih. Bagi pembaca, jelas bahawa pemuda itu menjadi mangsa satu perangkap yang diatur dengan teliti oleh orang yang berkuasa.
Bahagian 8
Dalam kes terhadap Ibarra, satu-satunya bukti yang benar-benar memberatkannya ialah sepucuk surat yang ditulisnya kepada Maria Clara sebelum berangkat ke Eropah. Pihak pendakwa memberi tafsiran baharu kepada surat peribadi itu seolah-olah ia menunjukkan niat menentang kerajaan. Pembaca kemudian mengetahui sebabnya: Maria Clara telah menemui surat-surat lama mendiang ibunya yang mendedahkan bahawa ayah kandungnya ialah Padre Dámaso, bukan Kapitan Tiago. Padre Salvi, yang menyimpan niat buruk terhadap gadis itu, menggunakan rahsia tersebut untuk memaksanya menyerahkan surat Ibarra sebagai ganti surat-surat ibunya.
Elias kembali dan menyelamatkan Ibarra dari penjara, lalu kedua-duanya melarikan diri dengan perahu. Ibarra singgah sebentar menemui Maria Clara pada malam pertunangannya dengan Linares. Maria Clara menceritakan rahsia asal-usulnya dan bagaimana dia dipaksa menyerahkan surat itu, dan mengaku bahawa dia tidak pernah berhenti menyayangi Ibarra. Ibarra memaafkannya, lalu pergi.
Di atas perahu, Elias dan Ibarra merancang masa depan. Elias mengajak Ibarra hidup bebas di luar negara, tetapi Ibarra yang kini pahit hati berkata dia mungkin akan mengangkat senjata. Mereka dikesan dan dikejar di tasik oleh bot Guardia Civil. Untuk menyelamatkan Ibarra, Elias terjun ke dalam air supaya pengejar mengejarnya, menyuruh Ibarra bersembunyi di dalam perahu, dan berjanji bertemu di makam datuk Ibarra di hutan keluarganya pada malam Krismas. Tembakan dilepaskan ke arah air, dan air di situ berubah merah dengan darah.
Bahagian 9
Akhbar di Manila melaporkan bahawa Ibarra telah mati lemas di tasik. Mendengar berita itu, Maria Clara menolak untuk berkahwin dengan Linares dan merayu Padre Dámaso membenarkannya memasuki biara Santa Clara sebagai Wanita yang hidup beribadat dalam biara, jika tidak dia akan membunuh diri. Padre Dámaso, yang menyayanginya dengan caranya sendiri, menangis dan akhirnya bersetuju.
Pada malam Krismas, Basilio, yang telah lama sakit akibat lukanya, pulang ke San Diego mencari ibunya. Dia menemui Sisa sedang menyanyi di hadapan berek dan mengejarnya hingga ke hutan keluarga Ibarra. Di sana dia memeluk ibunya hingga pengsan. Sisa akhirnya mengenali anaknya, tetapi saat itu juga dia menghembuskan nafas terakhir. Seorang lelaki yang cedera parah muncul dari semak, iaitu Elias. Dia meminta Basilio membina unggun kayu dan membakar jenazah mereka berdua, lalu memberitahu bahawa di tempat itu tertanam emas yang boleh digunakan Basilio untuk bersekolah. Sebelum meninggal dunia, Elias memandang ke arah timur dan berpesan agar mereka yang akan melihat fajar menyingsing di tanah air tidak melupakan orang yang gugur dalam kegelapan malam.
Penutup kisah menceritakan nasib yang lain. Padre Dámaso menerima perintah untuk bertugas di sebuah kariah di wilayah yang jauh, dan keesokan harinya dia ditemui mati di bilik tidurnya. Padre Salvi berpindah ke Manila dan memegang jawatan penting di biara Santa Clara. Kapitan Tiago, yang hancur selepas anaknya memasuki biara, menjadi kurus, menghisap Dadah yang dihisap, menyebabkan ketagihan dan dilupakan orang. Linares meninggal dunia akibat disentri. Pada suatu malam ribut, dua pengawal melihat kelibat seorang wanita berdiri di atas bumbung biara, menangis dan merintih ke langit. Keesokan harinya pihak berkuasa yang datang diberitahu bahawa tiada sesiapa yang gila di biara itu. Tentang Maria Clara, tiada apa-apa lagi yang diketahui. Dengan pengakhiran itu, kisah ini berdiri sebagai tuduhan tajam terhadap ketidakadilan penjajahan, penyalahgunaan kuasa oleh sebahagian pemimpin agama dan pegawai, serta penderitaan rakyat kecil yang tidak bersuara.
